Клинические базы университета
Учебно-научный центр охраны здоровья матери и ребенка Государственный медицинский университет Туркменистана имени Мырата Гаррыева: Kaфедра акушерства и гинекологии, кафедра детской хирургии, кафедра пропедевтики детских болезней, кафедра госпитальной педиатрии, кафедра педиатрии последипломного образования.
Стоматологический учебно-производственный центр Государственный медицинский университет Туркменистана имени Мырата Гаррыева: Кафедра терапевтической стоматологии, кафедра ортопедической и хирургической стоматологии, кафедра детской стоматологии, кафедра последипломной подготовки по стоматологии.
Научно-клинический центр Глазных болезней Государственный медицинский университет Туркменистана имени Мырата Гаррыева: Кафедра глазных болезней.
Дирекция центров инфекционных болезней: Кафедра инфекционных болезней, кафедра эпидемиологии, кафедра туберкулеза, кафедра кожных и венерических болезней, кафедра детских инфекционных болезней.
Научно-клинический центр онкологии: Кафедра лучевой диагностики, лучевой терапии и онкологии.
Центр общественного здоровья и питания: Кафедра гигиены питания.
Международный центр травматологии: Кафедра травматологии и ортопедии.
Центр неотложной скорой помощи: Кафедра факультетской хирургии, кафедра нервных болезней и нейрохирургии.
Морфологический центр: Кафедра анатомии человека, топографической анатомии и оперативной хирургии, кафедра патологической анатомии, кафедра судебной медицины и права.
Лечебно-консультативный центр им. С. Ниязова: Кафедра факультетской хирургии, кафедра нервных болезней и нейрохирургии, кафедра госпитальной хирургии, кафедра ортопедической и хирургической стоматологии, кафедра болезней уха, горла и носа, кафедра пропедевтики внутренних болезней, кафедра госпитальной терапии с курсом клинической фармакологии, кафедра урологии и андрологии, кафедра общей хирургии.
Госпиталь с научно-клиническим центром кардиологии: Кафедра госпитальной терапии с курсом клинической фармакологии, кафедра эндокринологии, кафедра факультетской терапии, кафедра госпитальной хирургии.
Центральный военный госпиталь: Кафедра военно-полевой хирургии, кафедра военно-полевой терапии
Санатория Берзенги: Кафедра лечебной физкультуры, восстановительной и спортивной медицины.